1942年、米国ウィスコンシン州ミルウォーキー生まれ。生地でバレエを始め、その後シカゴで学ぶとともに、ミルウォーキーのマルケット大学に進学、ここで最初の振付作品を創作した。その後さらにコペンハーゲンやロンドンの英国ロイヤル・バレエ学校でバレエを学び、1963年にシュツットガルト・バレエ団に入団。ソリストとして活躍するとともに、振付を続けた。
1969年、フランクフルト・バレエ団芸術監督に就任、ほどなくして『くるみ割り人形』『ロミオとジュリエット』といった作品を発表し、センセーションを巻き起こす。1973年、ハンブルク・バレエ団芸術監督、主任振付家に就任。ハンブルク・バレエ団はドイツをリードするカンパニーに成長し、国際的な評価を獲得。
振付家としては、現代的でドラマティックな作品を追求するいっぽうで、バレエの伝統を守り続けている。物語バレエの新たなヴァージョンとともにシンフォニック・バレエも、グスタフ・マーラーの音楽から、宗教曲にいたるまで幅広く手がけている。近年のハンブルク・バレエ団での初演作品に、2013 年の『クリスマス・オラトリオI-VI』、2014年の『タチヤーナ』、2015年の『ペール・ギュント』『ドゥーゼ』がある。
1975年より、各シーズン末にハンブルク・バレエ週間を設ける。1978年にはハンブルク・バレエ学校を設立。1989年、ハンブルク・バレエ学校とハンブルク・バレエ団の本拠地として、バレエ・センターを設立する。今日では、バレエ団員の80％以上が同校の出身者となっている。
数多くのカンパニーのゲスト振付家を務め、英国ロイヤル・バレエ団、ウィーン国立バレエ団、ミュンヘン・バレエ団、ドレスデン国立歌劇場バレエ団、数々のノイマイヤー作品を初演しているシュツットガルト・バレエ団、デンマーク・ロイヤル・バレエ団、パリ・オペラ座バレエ団、東京バレエ団、アメリカン・バレエ・シアター、ナショナル・バレエ・オブ・カナダ、マリインスキー・バレエ、ボリショイ・バレエ、モスクワ音楽劇場、サンフランシスコ・バレエ団などで上演されている。
ダンス・マガジン賞を受賞（1983）、ドイツ連邦共和国功労勲章、フランス芸術文化勲章シュヴァリエ、レジオンドヌール勲章シュヴァリエを受章。2006年にはニジンスキー賞、2007年にヘルベルト・フォン・カラヤン音楽賞、2008年にドイツ・ダンス賞（ドイツ・ダンス職業協会25 周年記念特別賞）を受賞。2007年にハンブルク名誉市民、2012年11月にはロシア連邦友好勲章を授与される。2015年、稲盛財団より京都賞（思想・芸術部門）を授与された。
2006年2月には舞踊とバレエ関連のノイマイヤーのコレクションを保持、公開する目的でノイマイヤー財団を創設。ハンブルク市のためにノイマイヤーのレパートリーとその関連素材の維持を行う。
2011年、ドイツ・ナショナル・ユース・バレエを設立。8人のダンサーによる若いカンパニーは、ハンブルク・バレエ・センターを拠点としながら、ハンブルク国立歌劇場のほかでも、海外ツアーに加え、学校や老人ホーム、刑務所などでも公演を行っている。

ジョン・ノイマイヤーに率いられたハンブルク・バレエ団の名声は、本拠地ハンブルクを越えて世界にとどろいている。幾多の海外公演を通して国際的に知られる存在となり、ドイツを代表する文化大使の役割を果たしてきた。バレエ団の中核を担うのは、1973年に芸術監督および主任振付家に就任したノイマイヤーだ。彼は伝統的な古典バレエと現代的な表現を融合させて独自の振付言語を構築した、卓越した手腕の持ち主である。
ノイマイヤーの発案で1973年に始まったワークショップとレクチャー・デモンストレーションも、ハンブルク・バレエ団の伝統の一翼をになっている。毎年数回程度の頻度で日中に実施される一連のイベントで、ノイマイヤーはバレエ団のダンサーと共にバレエ史を独自の視点から語り、上演中の作品について掘り下げ、あるいはバレエ・テクニックやダンスの歴史的背景を紹介する。例年、シーズンのフィナーレを華々しく飾るのは、ハンブルク・バレエ週間こと、1975年に創設されたダンス・フェスティバルだ。フェスティバルのオープニングで新作を発表し、ハンブルク・バレエ団員と国際的なスターダンサーが競演する〈ニジンスキー・ガラ〉で閉幕することが慣例になっている。
ハンブルク国立歌劇場は、ノイマイヤーが着任する遥か以前から輝かしい歴史を持っている。19 世紀にはマリー・タリオーニ、ルシル・グラーン、ファニー・チェリート、ファニー・エルスラーといった名花やデンマーク出身の振付家オーギュスト・ブルノンヴィル等が頻繁に客演し、舞台を彩った。20 世紀になると、1959年にロルフ・リーバーマンが音楽監督に就任したのを機に規模を拡大し、国際的な評価を大いに高めた。リーバーマンの在任中に舞踊監督を務めたピーター・ヴァン・ダイクは、 ジョージ・バランシンの振付作品をレパートリーに取り入れて、バレエ団の水準を向上させた。ハンブルク・バレエ団は、優れたバランシン作品を積極的に導入した、ヨーロッパでは初めてのバレエ団でもあるのだ。1962 年には、イーゴリ・ストラヴィンスキーの生誕80周年記念公演を行い、バランシンによる三つのバレエを上演した。その際の『アポロ』で、ストラヴィンスキーが自ら指揮台に立ったことは今日に語り継がれている。
現在のハンブルク・バレエ団はハンブルク国立歌劇場で公演を行っているが、1989年以来、バレエ団が日々の創作の場としているのは、ハンブルク近郊に位置する「バレエ・センター」である。ドイツの著名な建築家フリッツ・シューマッハー（1869〜1947）が晩年に設計した建物を改装し、バレエ団の稽古場に加えて、付属バレエ学校と在校生のための寮が併設されている。1978年に開校した付属バレエ学校は、若年の初心者向けプログラムとプロダンサーを養成する8段階のクラスおよび、次世代のプロダンサーを訓練するシアター・プログラムと銘打たれた2年課程を有する。バレエ・センターは、2011 年にジョン・ノイマイヤーによって創設されたナショナル・ユース・バレエの拠点にもなっている。